Wytrząsarki laboratoryjne są niezbędne w każdym laboratorium analitycznym i mogą być wykorzystywane do wielu celów. Klasycznym zastosowaniem jest mieszanie cieczy, tworzenie lub homogenizowanie emulsji lub przeprowadzanie ekstrakcji. W analizach środowiskowych wytrząsarki laboratoryjne można wykorzystać m.in. do wytrząsania próbek wody czy rozpuszczania zanieczyszczeń w próbkach gleby. Wytrząsarki inkubacyjne idealnie nadają się do mikrobiologii, m.in. do jednorodnego mieszania kultur organizmów.